من الصعب تتبع تاريخ الأرشيف بتونس لقلة المصادر. إلا أننا على يقين من أن سائر الدول التي تعاقبت في تاريخ هذا البلد العريق قد كونت مجموعات هائلة من الوثائق. لكن أغلبها لم يصل إلينا نظرا لكثرة الحروب وعدم الاستقرار السياسي خاصة قبل فترة البايات الحسينيين.

وقد تميز النصف الثاني من القرن التاسع عشر بإجراء جملة من الإصلاحات شملت التنظيم السياسي (عهد الأمان سنة 1857 ودستور سنة 1861) والتنظيم الإداري (ضبط مهام الوزارات وطرق تنظيمها سنة 1860). وفي هذا السياق تم، في سنة 1874، إحداث هيكل بالوزارة الكبرى "بدار الباي" بالقصبة. وقام هذا الهيكل بنقل وثائق الدولة من قصر باردو ومن مختلف مصالح الدولة وكبار مسؤوليها. ونظمت هذه الوثائق حسب طرق فنية متطورة شملت كيفية الإطلاع على الوثائق واسترجاعها. وتوفر لدى هذا الهيكل عدد من الأعوان تحت رئاسة الشيخ محمد الطيب بوسن.

وهكذا كانت تونس سباقة في هذا الميدان بالنسبة إلى البلدان العربية حيث مثلت البلد الثاني بعد مصر في تنظيم الأرشيف. وحصل ذلك قبل انتصاب الحماية الفرنسية بتونس.